灵岩山水资源十分丰富，这里溪流潺潺，终年不枯。除了众多的山泉以外，还有“放生池”、“落钟塘”、“思源井”等。灵岩山所有山溪均流向青阳县境内，再转而注入铜陵大通段长江，故而，成为青通河众多源头之一。

灵岩山植物资源十分丰富，有楠木、红柳、香樟、朴树以及其它一些常见的针叶和阔叶林木，还有众多灌木林与野生中草药品种等。尤其是灵岩山还生长着一种极为罕见的竹子，它通身长满黑色斑点纹，被世人称之为“斑竹”。

灵岩山动物资源也十分丰富，有穿山甲、麂子、野猪、野兔、山鹰、碧鸡鸟以及珍贵的水生动物“无骨鱼”等。

正是因为自古以来灵岩山良好的自然生态环境，才使得灵岩山拥有被世人广为传颂的“三大宝”——无骨鱼、斑竹、碧鸡鸟。